Penguabahsuaian juga dilakukan ke atas masjid ini terutamanya di bahagian anjung atau serambinya dan bahagian bilik mengambil air sembahyang, namun rekabentuk dan bahan yang digunakan tetap sebagaimana bangunan asal. Masjid ini dipercayai dibina oleh sekumpulan pengembang (mubaligh) agama Islam yang terdiri daripada sekumpulan anak raja Jawa yang datang belayar berhampiran negeri Kelantan. Semasa dalam pelayaran tersebut, kapal yang dinaiki baginda bocor dan anak raja itu bernazar untuk mendirikan sebuah masjid sekiranya mereka selamat tiba ke darat. Anak raja Jawa itu selamat tiba ke darat dan mereka mendirikan sebuah masjid di Kampung Laut dan apabila kembali ke Jawa mereka mendirikan sebuah lagi masjid yang rekabentuk yang sama seperti Masjid Kampung Laut. Rekabentuk masjid Kampung Laut juga adalah sama dengan bentuk Masjid Agung Demak di Jawa Tengah, Indonesia.
Masjid Kampung Laut dibina daripada kayu cengal dan mempunyai 20 batang tiang termasuk empat tiang seri. Masjid ini sangat tinggi dari lantai ke puncaknya. Terdapat banyak ukiran di dinding bahagian beranda, buah butong dan tiang-tiang utama dalam bahagian bangunan. Motif seni bina masjid ini dikatakan melambangkan ketuhanan dan alam semula jadi yang pada asasnya diterapkan pada bunga teratai.Bumbungnya berbentuk tiga lapis yang disebut bumbung tiga tingkat iaitu menyamai bentuk bumbung masjid-masjid di negeri Melaka. Menaranya juga mempunyai bentuk yang hampir sama dengan Masjid Wali Sunan Kalijaga di Jawa Tengah.
Masjid Kampung Laut ini dapat memuatkan hampir 400 orang jemaah. Mimbar dan ruang dalamnya disokong oleh empat batang tiang seri.