Ditubuhkan pada tahun 1947 di Parit 12 Sungai Panjang. Didirikan di atas sebidang tanah seluas 1 ekar 3rd 18p. Kemudian sekolah ini dinamakan Sekolah Melayu Parit 12 sempena nama Kampung Parit 12. Bangunan sekolah ini dibina secara bergotong royong oleh penduduk kampung Parit 12 dan mendapat sokongan dari pihak kerajaan khususnya Jabatan pelajaran Negeri Selangor.
Pengasas sekolah ini adalah En. Abdul Khatab bin Abd Samad, En. Hashim bin Hj Ahmad
dan beberapa pemimpin kampung serta En Arwit selaku Guru besar pertama di sekolah ini.
Pada tahun 1947, bilangan murid di sekolah ini seramai 80 orang sahaja. Beberapa tahun
kemudian, bilangan murid bertambah kepada 470 orang pada tahun 1971.
Dalam tahun 1970, kerajaan telah memindahkan sekolah ini ke tapak baru seluas 8 ekar di
Parit 13, Sungai Panjang. Sehubungan dengan itu sekali lagi sekolah ini telah menukarkan
namanya kepada Sekolah Kebangsaan parit 13 Sungai Panjang, Ketika ini sekolah
Kebangsaan parit 13 hanya mengandungi 7 buah bilik darjah, pejabat Guru Besar, sebuah
stor dan kantin.
Tahun 1973, bilangan murid terus bertambah kepada 579 orang dan Kementerian Pelajaran
Malaysia telah menaikkan taraf sekolah ini ke Gred A.
Pada tahun 1977 nama sekolah ini ditukar sekali lagi kepada Sekolah Kebangsaan Tok
Khalifah sempena nama Kampung Tok Khalifah dan Guru Besar ketia itu adalah En. Mokhtar
bin Said.
Dalam tempoh ini, sekolah telah mengalami pelbagai perubahan, kemajuan dan kejayaan
yang kecapi dari masa ke semasa ekoran dari peredaran masa dan zaman.
Rujukan : http://sktokkhalifah.blogspot.com/2010/04/sejarah.html